5月6日，B站UP主“内幕纠察局”发布调查视频，经暗访调查发现，百果园部分门店，存在将小果当大果售卖、销售隔夜水果以及将变质水果做成果切继续销售等违规操作。为逃避检查，店员违规将本应处理掉的水果藏起来，次日继续售卖的情况。
随后，“百果园被曝使用变质水果”等话题迅速登上热搜，百果园深陷舆论旋涡。迫于舆论压力，公司深夜发布致歉声明，称是个别加盟店的员工行为。
5月7日，百果园在道歉声明中表示，对于此次事件深感痛心和愧疚，涉事门店为成都、武汉门店。为防止事件再度发生，百果园正在进行整改，包括对全国各门店经营与品质管理进行再度检查；进一步强化门店SOP作业培训；加强督导、督察及神秘客不定期对门店进行果品鲜度检查和指导，严厉杜绝任何变质水果做果切出售。
当日，“百果园致歉”的话题冲上微博热搜。
而此时距百果园5月2日向港交所提交上市申请只过去了四五天的时间。
5月8日，上海市消保委发声，直指百果园不能一味追求扩张而疏于管理监督，“近年来，很多侵害消费者合法权益行为都与加盟店相关。品牌不能一味追求扩张速度，而疏于对加盟店的管理和监督。消费者依法享有知情权，门店是否属于加盟店是涉及商品与服务质量的重要信息，品牌方有义务向消费者明示”。
5月17日，公开消息称，郑州市市场监管局近日对百果园郑州地区负责人进行了行政约谈。据郑州晚报消息，在听取百果园郑州地区负责人汇报郑州市百果园各加盟店自查整改的情况后，会议要求，一定要吸取成都、武汉百果园加盟店销售变质水果等违法行为的教训，切实做好食品安全日常管理，坚决不销售腐烂变质食品，保证老百姓舌尖上的安全。
据百果园官网，其2001年成立于深圳，是一家集水果采购、种植支持、采后保鲜、物流仓储、标准分级、营销拓展、品牌运营、门店零售、信息科技、金融资本、科研教育于一体的连锁企业。
根据企查查信息，2015年至2020年，百果园共获得8轮融资，累计融资接近20亿元。其中，2015年9月，百果园斩获前海互兴、广发证券、天图投资的4亿元A轮融资，同年12月，获得中金资本、乾亨投资、前海母基金的投资，2017年获得招商局资本、中金前海基金的投资；2018年融资高达4轮，投资机构囊括基石资本、京江资本、越秀产业基金、中金佳成、深创投、源码资本等各个明星机构。
2015年，百果园进入北京，以注资、换股等方式并购重组了北京地区最大的水果连锁超市果多美，自此开始了其拓展之路。
2016年，战略合并生鲜O2O平台一米鲜，同年牵头发起并成立“优质果品产业联合会”；2017年7月，百果园线上销售额破亿，实现了线上线下一体化。同年，还收购了鲜时代等品牌。近两年，百果园开始在线上渠道发力，推出自有品牌“熊猫大鲜”。
目前百果园在全国范围的零售门店，主要以“百果园”及“果多美”两个渠道品牌进行运营。
招股书显示，百果园是中国最大的水果零售企业。根据弗若斯特沙利文，按2021年水果零售额计，其在中国所有销售水果的零售企业中位列第一。百果园拥有中国水果行业最大的分销网络。
根据百果园招股书，截至2021年已经开出5351家门店，遍布全国22个省市的130个城市。但仅15家为自营门店，其他99.7%的店铺都为加盟门店。而加盟门店中，有82%的门店为自行管理，仅18%的门店是委托管理。
加盟模式在管理方面难度较大，标准化程度难度也较大。如此，百果园会发生食品安全问题就不难理解了。
百果园也表示，加盟商独立管理业务，自行负责各自门店的日常运营。加盟门店的成功及品质最终取决于该等加盟商自身。加盟店一旦出现品质安全问题，就会对整个品牌造成影响。
而此次冲击国内“水果零售第一股”，已经是百果园第三次试水IPO。
2015年9月，参与百果园首轮融资的天图投资首席投资官冯卫东曾对外表示，该轮融资就是要帮助百果园向外扩张，迅速占领市场，并称预计百果园将在3至5年内上市。
但直到2020年6月1日，百果园才向证监会国际部递交境外上市审批材料。同年9月，百果园收到行政许可书，但2020年却并未向港交所递表，反而转战A股。2020年11月，百果园与民生证券签订辅导协议，并在深圳证监局进行了辅导备案，拟于深交所创业板挂牌上市。2021年2月，市场传闻称百果园已敲定将于深交所创业板挂牌上市。但随后又没了声音。一年多之后，百果园又在今年5月2日在港交所递交了招股书。
但百果园的营收利润并没有想象中的那么丰厚。从招股书来看，虽然其营业收入突破百亿，但过去一年，百果园净利润只有2.26亿元。
同时，以线下经营为主的百果园营收波动受疫情影响明显。招股书显示，2019年～2021年，百果园营业收入分别为89.76亿元、88.54亿元和102.89亿元，同期销售成本占总营收的比重分别高达90.2%、90.9%和88.8%，毛利率分别9.8%、9.1%和11.2%，净利润率则仅为2.8%、0.5%和2.2%，处于低位波动状态。
而较低的利润率，也决定了百果园只能通过规模效应换取收入。百果园创始人余惠勇曾提“万店计划”，并希望有一天，百果园能占到中国水果零售行业10%的份额。
此外，由于新冠疫情对销售额造成不利影响，其2020年营收同比减少1.36%，2021年同比增长16.2%。净利润则在2020年由2.48亿减少至4570万元，2021年虽然增加至2.26亿元，但仍未恢复至疫情前的水平。
从其招股书来看，百果园的销售渠道主要依靠线下加盟门店，2019年-2021年均在80%以上，分别为88%、84.7%和81.3%，自营门店则仅贡献了0.4％的收入。自营门店销售收入占比甚微，一直保持在0.4%～0.5%。
其他，包括区域代理、直接销售、线上渠道及其他三个部分，2021年贡献了18.2%的收入。其中线上渠道及其他的收入占比，从2019年的0.4%，上升到2021年的3.2%。不过，2020年，百果园的线上渠道毛利率为-4.9%，2021年为-0.3%。
招股书显示，线上渠道的毛利率由2019年的2.8%减少至2020年的-4.9%，主要由于应对加剧的竞争及随着“熊猫大鲜”，百果园改变在线策略，从2019年起仅向付费会员销售高端生鲜食品，转变向所有客户销售更多大众市场的大生鲜及其他产品，以及于天猫、京东以企业对消费者（B2C）模式运营自营网店。
百果园称，由于大众市场的大生鲜及其他产品毛利率相对较低，再加线上销量上升导致配送费用及包装费用增加，2020年录得毛利率为负。2021年，毛利率略有改善，为-0.3%，主要由于持续优化“熊猫大鲜”运营及B2C线上管道的产品策略。净利润的波动也与上述原因直接相关。
